Abyste zjistili, jak správně ošetřovat bonsaj, kterou pěstujete, měli byste přesně vědět, o který druh jde. Zvlášť důležité je to, když máte rozhodnout, jak ji přezimovat. Bonsaje se dají totiž vypěstovat jak ze zimovzdorných stromů, jako je javor, dub, bříza nebo buk, tak z exotických rostlin (např. myrta, fíkovník drobnolistý). Posledně jmenované je nutné před prvním mrazem přenést zvenku do domu.

Ale ani zimovzdorná bonsaj, vypěstovaná z domácích druhů dřevin, nemůže přezimovat nechráněná venku. Na to je miska, v níž je zakořeněna, příliš malá, a proto v zimě při teplotách pod -5 °C potřebují kořeny ochranu. Nejlepší je umístit bonsaj do bedny vyložené polystyrenovými deskami. Důležité je, aby nadbytečná zálivková voda mohla odtékat. Pamatujte proto na otvory ve dně bedny. Bonsaje umístěte do bedny, jakmile jim kompletně opadají listy. Prostory mezi miskami řídce vyplňte slámou, suchým listím nebo novinovým papírem, aby stromky byly zakryty až ke kmeni. Pak bednu postavte na místo chráněné před deštěm, třeba pod převis střechy. Nádoby s rostlinami však nesmějí během zimy úplně vyschnout, jinak by kořeny odumřely. Proto se musí během mírného počasí zem navlhčit konví s dlouhým hrdlem. Zpravidla stačí interval 14 až 20 dnů. Při velmi slunných zimách je však nutno zalévat častěji.